В зависимости, каким образом дифференцировать налог на доходы физических лиц (НДФЛ), можно получить как положительный, так и отрицательный эффект.

1 способ. Дифференцировать ставку НДФЛ в зависимости от районных коэффициентов к заработной плате работников (где учитывается климат, сейчас коэффициенты колеблется от 1,15 до 2-х, что будет соответствовать ставкам от 11,3% до 6,5%).
Это поможет, развитию бизнеса, производства на Дальнем Востоке и в Сибири, Крайнего севера.

2 способ. Дополнительно дифференцировать ставку НДФЛ в зависимости от расположения места работы от вида населённого пункта. В мегаполисе (областном, краевом центре) ставка НДФЛ не изменяется, в малом городе до 100 тыс. населения (моногороде) уменьшается на 1-1,5%, в сельской местности (посёлке, деревне, селе и т.п.) уменьшается на 2-3%.
Это позволит разгрузить крупные города, заинтересовать бизнес переносить производство в сельскую местность, увеличить количество рабочих мест на селе, следовательно уменьшить отток молодёжи из деревни в город.

3 способ. Увеличить ставки НДФЛ для иностранных работников, временно пребывающих на территории РФ. Это финансово заинтересует работодателей нанимать на работу россиян, а не гастарбайтеров.
В России в 2011г., работодателям на работу было выгоднее нанимать гастарбайтеров, нежели российских граждан (на 4% меньше уплачивать налогов).
В 2012 году налоговые исчисления работодателем за российского рабочего и временно прибывающего иностранца сравнялись, по 30%.
Но иностранные рабочие, после окончания контракта уезжают к себе домой, где значительно ниже прожиточный минимум (траты на отопление, цены на продукты и т.д.), чем в России. Поэтому их устраивает низкая зарплата предлагаемая работодателем. Россиянам за такую зарплату, тяжело прожить (выжить) в России.

4 способ. Актуальность, увеличить ставки НДФЛ на большие зарплаты, с 2012 года отпадёт, так как власть ввела для таких заплат уплату 10-ти% на солидарную часть тарифа страховых взносов в пенсионный фонд. (Предельная величина базы для начисления взносов в 2012 году составит 512 тыс. руб. в год)
По сути это тот же налог, единственно в качестве уплаты НДФЛ он выглядел бы как некой социальной справедливостью, в отношении жадных на зарплату работодателей, да и тратился он тогда региональными властями на зарплаты учителей и врачей, а не на выплату пенсий.

5 способ. Ввести прогрессивную шкалу НДФЛ, освободить от уплаты налогов граждан с низкими доходами.
Это подарок для бизнеса, но не для рабочих. Кроме одного положительного эффекта, бизнесу надо будет меньше платить налогов с зарплаты рабочих. В остальном получаем много отрицательных эффектов для рабочих. Бизнес ради уменьшения расходов, предпочтёт официально выплачивать рабочим малую зарплату с минимальной ставкой НДФЛ, а остальную часть зарплаты в конвертах. Рабочие, получавшие минимальную зарплату, так же будут её и получать, потому что неизвестно будет ли присмотрен МРОТ.
Рабочие, получившие освобождение от уплаты налогов со своих низких доходов, автоматически лишатся ряда льгот, налоговых вычетов с зарплат для работающих родителей имеющих ребёнка (детей), у них зарплата станет такой же, как и у бездетных рабочих, далее лишаться налогового вычета при покупке квартиры.

6 способ. Уплачивать определённую часть налога на доходы физических лиц (НДФЛ) на прямую в местный (муниципальный) бюджет.
Причем, только лишь НДФЛ с зарплаты граждан России. Если гражданин живёт, к примеру, в одном городе (посёлке) а ездит работать в другой город, то в этом случае налог делится поровну и уплачивается в обои бюджеты муниципальных образований. Отдельно, налог на доходы физических лиц иностранных граждан (гастарбайтеров) работающих на территории России, должен уплачиваться в полном объёме только в федеральный бюджет.
Сейчас, согласно Бюджетного Кодекса РФ, НДФЛ по нормативу 70 % зачисляется в региональные бюджеты, из которого могут быть установлены единые и (или) дополнительные нормативы отчислений в местные бюджеты. Из-за чего муниципальные власти не знают, сколько местные работодатели уплачивают НДФЛ за своих рабочих, и не заинтересованы в контроле за уплатой в полном объёме НДФЛ ими.
Перечисление напрямую в местный бюджет от работодателей НДФЛ с зарплат рабочих, заинтересует администрацию муниципалитетов (городов, населённых пунктов) в работе над увеличением поступления от данного налога.
Заставит наши местные муниципальные власти оказаться от найма гастарбайтеров для ремонта муниципальных зданий и уборки территории населённого пункта. Также, муниципальные власти станут вынуждать "всеми возможными способами" местных работодателей использовать труд только российских граждан (а не иностранных рабочих), потому что, тогда деньги от налога на доходы (с зарплаты) физических лиц пойдут в их бюджет, а не в федеральный.